سازمان داراي ستاد مركزي و در مراكز استانها، داراي ساختمان اداري در سطح اداره كل يا مديريت مي‌باشد. علاوه بر اين در24 مرز جاده‌اي و تعدادي شهرستان داراي نمايندگي است. در حدود 2086 نفر نيروي انساني با وضعيت تحصيلي زيرديپلم 9/4 درصد ، ديپلم 4/30 درصد ، فوق‌ديپلم 9/10 درصد ، ليسانس 2/45 درصد ، فوق‌ليسانس 3/8 درصد و دكترا 3/0 درصد بكار اشتغال دارند. در آخرين تشكيلات مصوب، ستاد سازمان از چهار معاون و 20 دفتر يا اداره كل تشكيل شده است.

در پي انتقال وظايف و تشكيلات معاونت راهداري وزارت راه و ترابري به سازمان حمل و نقل و پايانه‌هاي كشور و تشكيل "سازمان راهداري و حمل و نقل جاده‌اي"، چارت سازمان در دست تهيه مي‌باشد.